O ano é 1999. Morioh, uma cidade normalmente calma e pacífica, recentemente se tornou um foco de atividade estranha. Joutarou Kuujou, agora um biólogo marinho, dirige-se à misteriosa cidade para se encontrar com Jousuke Higashikata. Enquanto os dois podem parecer estranhos a princípio, Jousuke é na verdade o filho ilegítimo do avô de Joutarou, Joseph Joestar. Quando eles se encontram, Joutarou percebe que ele pode ter mais em comum com Jousuke do que apenas uma relação de sangue. Junto com o gentil Kouichi Hirose e o barulhento Okuyasu Nijimura, o grupo dedica-se a investigar desaparecimentos recentes e outras ocorrências suspeitas dentro de Morioh. Ajudados pelo poder dos Stands, os quatro homens encontrarão o perigo em cada esquina, já que cabe a eles desvendar os segredos da cidade, antes que ocorra outro.